广东水生植物面临的主要威胁和挑战如下：
环境污染
- 水体富营养化：广东经济发展迅速，工业废水、生活污水排放以及农业面源污染等，导致大量氮、磷等营养物质进入水体。这会引发藻类等浮游生物大量繁殖，与水生植物争夺光照、养分和空间，影响水生植物的光合作用和生长，还可能使水体缺氧，导致水生植物死亡。
- 重金属污染：工业生产、矿业开采等活动产生的重金属废弃物进入水体，如镉、铅、汞等重金属离子。水生植物吸收重金属后，会影响其生理代谢过程，抑制生长、繁殖，甚至导致植物死亡，还可能通过食物链传递，对整个生态系统和人类健康造成威胁。
- 有机物污染：石油化工、制药等行业排放的有机污染物，以及生活污水中的有机物质，部分难以降解，会在水体中积累。这些有机物可能会对水生植物产生毒性作用，影响其根系的呼吸和养分吸收，阻碍水生植物的正常生长发育。
气候变化
- 极端天气事件：广东地区台风、暴雨等极端天气事件增多。暴雨可能导致水体急剧涨落，水流速度加快，冲毁水生植物的生长环境，使一些水生植物被连根拔起；而长时间的干旱则会使水域面积缩小，水位下降，水生植物的生存空间受到挤压，一些依赖深水环境的水生植物可能会因缺水而死亡。
- 温度变化：全球气候变暖导致气温升高，可能使水生植物的物候期发生改变，如花期提前或推迟，影响其与传粉者等生物的协同关系。同时，高温还可能增加水生植物的呼吸作用消耗，使其生长和繁殖受到影响，也会加剧水体的蒸发，导致水质变化，不利于水生植物生长。
生物入侵
- 外来物种竞争：一些外来水生植物物种，如水葫芦、水花生等，繁殖能力强、适应性广，在广东水域中迅速蔓延。它们与本地水生植物争夺生存空间、光照、养分等资源，抑制本地水生植物的生长和繁殖，破坏水生植物群落的结构和稳定性，降低生物多样性。
- 本地物种失衡：由于人类活动对生态系统的干扰，一些水生动物的数量和分布发生变化，可能打破原有的生物链平衡。例如，一些以水生植物为食的鱼类过度繁殖，会大量啃食水生植物，导致水生植物数量减少；而一些水生植物的天敌减少，则可能使某些水生植物过度生长，影响其他水生植物的生存。
人类活动
- 围垦与填海：在城市化和工业化进程中，为了获取土地资源，沿海和河流湖泊周边的一些湿地和水域被围垦或填海造地。这直接破坏了水生植物的栖息地，使大量水生植物失去了生存空间，导致其数量和种类急剧减少。
- 航道建设与航运：航道拓宽、疏浚等工程会搅动水体底质，使水体浑浊度增加，影响水生植物的光合作用。同时，船只行驶产生的波浪和水流冲击，也会对水生植物造成机械损伤，破坏其生长环境，干扰水生植物的正常生长和繁殖。
- 过度捕捞和采集：过度捕捞可能导致水生动物数量减少，影响水生生态系统的平衡，间接影响水生植物的生存。此外，一些人对具有观赏价值或药用价值的水生植物进行过度采集，也会使这些水生植物的种群数量下降，破坏了水生植物的自然生长和繁殖。